ゴミ取りとは画像にある汚れを取り除く作業です。
非常に面倒臭い作業ですが、これをやっておくのとおかないのとで色塗りに影響がありますので、頑張っていきましょう。
「レイヤー」→「新規」→「レイヤー」で新しいレイヤーを作ります。先の作業はレイヤーボックスの下、右から二番目の四角っぽいマークからも同じ作業が可能です。
新しくできたレイヤー（以下「背景」）を「線画」レイヤーより下に配置します。（「背景」をドラッグしながら持っていけば、移動します）
「背景」を「塗りつぶしツール」で一色に塗ります。色は何でも構いませんが、線画の色とは違う色を選ぶとよいでしょう。（今回は薄緑を採用させていただきました、黒っぽい背景だと薄い色の汚れが見えやすくなりますので、この段階ですべての汚れを取り除きたいと思ったら、大きなゴミを取り終えた時に背景の色を変えるといいかも知れません）
こうして背景に色を入れてみると、このようにちらほらと汚れが見えてきます。拡大して見るともっとひどいです。
あとは「線画」レイヤーを選択した状態にして、見えた汚れを、画面を拡大させながら「消しゴムツール」で消していくだけです。これを終わらせたら、色塗りに入ります。
が、色を塗っている途中でまた新たにごみを発見する時がありますので、その都度（もしくは仕上げの時にでも）取っていきましょう。